بر اساس این مصوبه، در شهرستانهایی که دبیرستان علوم و معارف اسلامی (اعم از دولتی، وابسته و غیردولتی) دایر نیست، ادارات کل آموزش و پرورش استانها می‌توانند برای تأسیس این دبیرستانها به صورت دولتی اقدام کنند؛ در این صورت اداره کل آموزش و پرورش استان به عنوان مؤسس تلقی شده و از شمول شرایط مندرج در بند۲ مستثنا است
با ابلاغی از سوی رئیس جمهور و رئیس شورایعالی آموزش و پرورش، مصوبه نحوه تأسیس دبیرستانهای علوم و معارف اسلامی اصلاح شد.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی دولت، بر اساس این مصوبه، در شهرستانهایی که دبیرستان علوم و معارف اسلامی (اعم از دولتی، وابسته و غیردولتی) دایر نیست، ادارات کل آموزش و پرورش استانها می‌توانند برای تأسیس این دبیرستانها به صورت دولتی اقدام کنند؛ در این صورت اداره کل آموزش و پرورش استان به عنوان مؤسس تلقی شده و از شمول شرایط مندرج در بند2 مستثنا است و لازم است برای اخذ مجوز، درخواست تأسیس را با ذکر دلایل توجیهی، قابلیتها و توانمندیهای استان برای طرح در کمیته موضوع بند 4 این مصوبه به دبیرخانه شورایعالی آموزش و پرورش ارسال کند.
همچنین مدیر این گونه دبیرستانها علاوه برضوابط مربوط باید دارای یکی از شرایط مندرج در بند 2 مصوبه فوق باشد. صدور ابلاغ مدیریت این قبیل دبیرستانها، منوط به تأیید کمیته موضوع بند 4 خواهد بود. ابلاغ مدیریت مدارس دولتی برای مدت 4 سال صادر می‌شود.
بر این اساس، به منظور بررسی و تأیید صلاحیت مؤسس دبیرستانهای علوم و معارف اسلامی، کمیته ای مرکب از دبیر کل شورای عالی آموزش و پرورش (رئیس کمیته)،یکی از معاونان مدیریت حوزه علمیه قم به عنوان نماینده ثابت،رئیس سازمان تبلیغات اسلامی یا رئیس مدارس معارف اسلامی سازمان به عنوان نماینده ثابت، مدیر مدرسه عالی شهید مطهری یا یکی از معاونین وی به عنوان نماینده ثابت و معاون آموزش متوسطه وزارت آموزش و پرورش یا یکی از مشاوران وی به عنوان نماینده ثابت در دبیرخانه شورایعالی آموزش و پرورش تشکیل می‌شود.